由不同的SARS-CoV-2谱系驱动的巴西两次COVID-19浪潮

2020年,巴西亚马孙州经历了两波不同的COVID-19感染浪潮。在第一波之后,圣保罗大学的一个团队预计玛瑙斯市将在夏季结束时达到群体免疫的理论门槛然而,第二波COVID-19浪潮在2020年12月爆发,与变异型关注(VOC) P.1的上升同步。

冠状病毒COVID-19三维模型

一项新研究发表在自然医学研究了巴西一段时间以来出现的COVID-19的不同谱系,并确定这两波疫情是由不同的变体驱动的。第一波流感是由今年春天从欧洲进口的B.1.195型流感引起的。第二波主要是由VOC P.1推动的。的自然医学该研究首次使用2020年全年收集的样本中的病毒序列,探索两波不同的COVID-19浪潮背后的流行病学和病毒学因素。

亚马逊样品中VOC P.1的检测

研究人员首先生成了2020年3月至2021年1月收集的250份SARS-CoV-2样本的全基因组序列。调查结果表明,20%的序列属于B.1.195谱系,这些序列大多对应于第一指数生长期。24%的样本属于P.1谱系,所有这些样本都与第二指数生长阶段的上升相对应。B.1.1.28占最大份额(37%),在第一波之后不久取代B.1.195成为巴西的主要变体,直到VOC P.1的上升。

该团队还使用实时RT-PCR分析了2020年1月1日至2021年1月1日至2021年1月21日在亚马逊收集的1,232个阳性样本。该测定设计用于检测NSP6中的缺失,这是VOC的签名突变.在12月16日之前收集的样品均显示NSP6缺失,但在12月中旬开始的样品中常见。结合了两种分析方法,该团队发现了11月2020年11月收集的0%样本中的P.1谱系,但到1月1日至15日,它存在于73.8%的样品中。

该数据支持VOC P.1于2020年12月首次出现的理论,并且是驾驶亚马逊第二波的主要谱系。

两个Covid-19波:病毒学和流行病学因素

除了在整个大流行期间跟踪血统的流行,研究人员还对亚马逊经历了两波不同的COVID-19感染浪潮提出了建议。

通过计算机建模,该团队发现,在2020年4月至5月,血统B.1.195和B.1.1.28的繁殖效率(Re)显著降低,大约在同一时间,亚马逊增加了社会距离措施。在2020年9月干预措施放松之前,传播率一直很低。这表明病例的减少不是由于群体免疫.相反,非药物干预措施(NPI)限制了第一波,并在整个夏季遏制了传播。

通过实时RT-PCR,研究人员发现P.1感染的病毒载量是非P.1感染的病毒载量的近10倍。1感染。他们还引用了其他研究,发现VOC P.1与人类受体ACE2的亲和力比B.1.195和B.1.1.28更强。P.1显然是一种高度传播性的VOC,它是在理想的快速传播环境中进化而来的。亚马逊在2020年底放松了社交距离措施,1型病毒能够迅速达到极高的感染率。

这项研究没有直接解决P.1逃避先前感染产生的免疫的理论,但他们得出结论,流行病学和病毒学因素的组合使P.1从12月开始在亚马逊引发了第二波COVID-19。

该报告还补充指出,2021年1月在玛瑙斯设立的npi显著降低了VOC P.1的传播率。研究小组在论文的最后重申了适当的社会距离措施的重要性,以限制COVID-19的传播,防止新的担忧变体的出现。

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本研究采用Maxwell®RSC病毒总核酸纯化试剂盒从样本中提取病毒RNA。了解更多有关该试剂盒及其在COVID-19大流行期间的使用情况在这里


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Jordan Villanueva在2017年加入Promega之前,曾在西北大学学习写作和生物学。作为一名科学作家,他最感兴趣的是科学中人的一面——期刊文章背后的故事和人物。研究兴趣包括免疫学和神经科学,以及COVID-19大流行。当乔丹不工作的时候,他喜欢把酵母烘焙变成一门科学。这只是酵母和乳酸菌的共生培养,对吧?

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