蛋白质组的大规模分析揭示了在应对疾病蛋白质组学的变化,而这些变化保持诊断和治疗复杂疾病的巨大潜力,如果蛋白质组学分析可以带入临床实验室。成功的和可靠的大规模蛋白质组学要求是可重复的,可靠的,显示很少变化的样品制备工作流程。为了使蛋白质组学进入临床实验,所需要的样品制备和分析的标准程序和工作流程产生的时间尺度上对临床有用有效的,可操作的结果。
临床蛋白质组学分析的两种最常见的样本类型是体液和组织活检。处理这类样品,首先有两个步骤:组织溶解,然后是蛋白水解消化。固体组织的溶解是最费力的工作,产生的结果也最多变。
使用Barocycler仪器的压力循环技术(PCT)的引入极大地改善了组织溶解和消化的一致性。基于pc的样品制备方案通常利用尿素作为蛋白质变性和增溶的裂解缓冲液。尿素有几个缺点,包括抑制胰蛋白酶活性和引入不必要的修饰,如氨基甲酰化。
卢卡斯和他的同事分析是否与SDC取代尿素会产生类似的组织消化轮廓和改善PCT方法。
SDC允许使用较高的温度相比,尿素,并在56℃下进行,因此在第一步骤(裂解,还原,烷基化和)。在Barocycler第二消化步骤进行了优化,并且第三步骤被消除。为了进一步降低消化时间,他们利用了快速胰蛋白酶/ Lys-C。快速胰酶/Lys-C在70℃下保持强劲的活性,允许单步进行Barocycler消化,完成消化30个周期(约30分钟)而不是105分钟,简化了方案。
数据呈现在Barocycler一种改进的传统的组织PCT方法通过用SDC,正丙醇代替尿素和蛋白水解酶,和改性的具有较高的最适温度市售酶。
论文引用的
卢卡斯等人(2019)用于临床蛋白质组学的加速Barocycler裂解和提取样品的质谱制备。蛋白质组的RE j的18,399-405。