识别家养动物的利用全基因组测序的祖先

什么动物能在全球范围内被发现,人类租税三比一?鸡内金卑微的鸡。人类对蛋类和瘦肉的胃口推动了对这种有羽毛的鸟类的需求,导致家禽数量超过200亿。

关于家养鸡的起源(何时、何地、何种物种)的争论,导致一些研究人员在现代鸡品种和野生原鸡的基因组中寻找这一信息,这些候选基因是鸡的起源。通过对亚洲家禽的600多个基因组、所有4种野生原禽和5种红色原禽亚种的160个基因组进行测序,王博士完成了这项研究。希望了解和确定这些物种之间的关系和亲缘关系,并推导出家养鸡最早出现的地方。

红原鸡,这是在亚洲发现的,长期以来一直是家养的鸡野性很可能候选人。然而,研究人员首先使用它们的野生原鸡所获得的数据,以了解这些鸟类之间的关系。他们发现,所有原鸡种和红色原鸡亚种的基因不同。每个野生鸟类是位于亚洲地理上不同的区域(例如,G.克。murghi是在印度北部发现的g . g . bankiva位于爪哇东部)。研究人员的结论是g . g . bankiva显示了最大的多样性,使其成为其他红色原鸡的祖先在一个系统进化树。

家养鸡的祖先是谁?

系统发育分析也被用来确定红原鸡亚种可能是家鸡的起源。基于149个红原鸡基因组和696个鸡基因组,其中包括该研究之前可获得的序列,除了两个家鸡形成一个分支与野生十G.克。spadiceus个人,这表明这些鸟拥有共同的祖先。额外的分析表明聚集更接近于国内鸡基因组G.克。spadiceus目前在中国西南部、泰国和缅甸发现的红原鸡比其他四种红原鸡中任何一种都多。使用算法估计何时G.克。spadiceus和家鸡分开了,王。据估计,鸡的分裂发生在大约9500年前,这与其他考古学研究结果相矛盾。此前的一些考古学研究认为,鸡是在新石器时代在中国北部和印度河流域被驯化的。

鸡内金spadiceus,红原鸡亚种。图片版权:加里·贝克托管在P基准。

虽然这一基因组研究表明一个特定的红色原鸡亚种可能是家鸡的祖先,但在家鸡和红色原鸡之间仍然存在一些基因流动。虽然这种基因交换部分是由于地理原因,王。发现商业产蛋品种白来航,不管基因组样品是来自伊朗,中国,意大利或美国,有大约从它的祖先的25%G.克。murghi,一个红色的鸡亚种地方到印度北部。这个混血事件基于白蛋鸡和之间共享的单倍型块的长度鸡驯化后可能发生G.克。murghi相比白来亨鸡和之间共享的短的G.克。spadiceus

家养鸡的基因选择

有了这些基因组数据,研究人员能否得出结论,家养鸡和它们的野生红原鸡的近亲到底选择了哪些基因?家养鸡比原鸡成熟得快,产蛋也多。毫不奇怪,参与调节性成熟和生殖、新陈代谢、肌肉和骨骼发育的基因也发生了变化。一种被怀疑是驯化位点的无义突变在家鸡中是固定的,而在红原鸡中则没有。王。注意到这种突变是在高频率中发现的G.克。spadiceus本研究确定了家鸡的祖先,但频率较低的其他红色原鸡亚种。

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通过收集亚洲数百只鸡和野生原鸡的DNA样本,研究人员检查了这些鸟之间的亲缘关系,为家养鸡绘制了家谱,并确定了哪些野生原鸡可能是鸡的祖先。与之前的研究不同,本研究确定了一个特定的红色原鸡亚种作为可能的祖先,并根据目前的地理位置来放置驯化事件G.克。spadiceus。对这些结论的一个警告是,被检测的基因组都来自现代物种,包括鸡和原鸡。而王。相信测序原鸡与鸡之间的杂交,并确定国内鸡的祖先,古代测序鸡遗骸将有助于加强在此提出的主张之间可以分化基因的数量细胞研究篇文章。

参考:
王,M.等。(2020) 863个基因组揭示了鸡的起源和驯化。细胞Res30.693-701。https://doi.org/10.1038/s41422-020-0349-y

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萨拉克林克

技术文件撰稿人Promega公司
萨拉是土生土长的Wisconsinite谁在第五代奶牛场长大,并决定她想在12岁。她在威斯康星柏丽,在那里她获得了学士学位的大学接受教育科学家在生物学和威斯康星 - 麦迪逊大学获得的肿瘤她的第二个硕士学位之前,分子生物学硕士学位。她已经工作了Promega公司超过15年来,第一次作为一个技术服务的科学家,目前的技术作家。萨拉喜欢谈论她的娱乐鸡和尝试不打算她春园时过于雄心勃勃的羊群。

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