从灵长类动物模型到SARS-CoV-2测序和检测

随着SARS-CoV-2病毒在2020年初在世界各地传播,许多研究人员将重点转移到支持全球应对挑战的努力上。威斯康辛大学的两位教授从动物模型研究致病性开始,发展成为大规模的SARS-CoV-2测序和COVID-19检测项目。

病毒学家大卫·奥康纳和谢尔比·奥康纳(如图所示,他们沿着门多塔湖跑步)在SARS-CoV-2测序和COVID-19检测方面进行了广泛的工作

大卫·奥康纳博士说:“在这个领域做一名科学家让人有使命感,但同时也让人有责任感和责任感。”“你总是希望自己能做到这一点。”

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在扩大抗体生产时克服挑战

在任何研究实验室中,权衡都是一个永恒的挑战。为了获得更快的结果,你可能需要使用更多的资源(人,钱,供应品)。用于活细胞成像的强激光很可能在此过程中杀死这些细胞。纯化DNA常常让你在纯度和产量之间做出选择。

机器人执行autosampling与生物制剂打交道也涉及到一种微妙的平衡。用生物模型而不是化学合成方法生产化合物有许多优点,但也并非没有一定的挑战。其中一个权衡结果是规模扩大;产生的质粒越多,内毒素污染的可能性就越大。

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包括专家在内的高通量净化

实现自动化核酸纯化或改变高通量(HT)工作流程可能是复杂和耗时的。成功也有许多障碍,如挑战样品类型和保持理想的下游结果可能会增加压力,更不用说实际让机器人仪器做你想要的。所有这些都很容易理解为什么许多实验室避免自动化或使用昂贵的仪器。继续阅读“有专家参与的高通量净化”

更好的NGS尺寸选择

下一代测序(NGS)工作流中最关键的部分之一是库的制备,几乎所有的NGS库的制备方法都使用某种类型的大小选择性纯化。这个过程包括去除不需要的片段大小,这将干扰下游文库的准备步骤,测序或分析。

不同的应用可能涉及去除不需要的酶和缓冲液,或去除核苷酸、引物和适配器,用于NGS库或PCR样品的清理。在双大小选择方法中,去除大小DNA片段以确保最终测序前文库的最佳大小。在所有情况下,精确的尺寸选择是获得最佳下游性能和NGS测序结果的关键。

用于上述目的的现有方法和化学制剂已使用多年;然而,它们的使用是以性能和易用性为代价的。许多文库制备方法涉及到连续纯化,这可能会导致DNA的丢失。目前的方法可能导致多达20-30%的损失与每个纯化步骤。最终,这可能需要更多的起始材料,这在有限的、珍贵的样品中可能是不可能的,或者加入更多的PCR循环,这可能会导致测序偏倚。样品间的重现性是一个日常挑战,也经常被引用为改进尺寸选择的一个领域。

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如何像专业人士一样分离RNA

RNA最大的威胁:核糖核酸的带状图
RNA最大的威胁:核糖核酸的带状图

在研究生院的时候,我纯化了很多RNA,过了一段时间,我在这方面相当成功。我的产量很好,RNA也完好无损。然而,我在RNA分离方面的许多早期尝试都产生了降解的RNA,在许多下游应用中并没有很好地发挥作用。在我的例子中,成功地分离高质量的RNA需要实践。在我的试验和磨难中,我学到了很多关于如何获得高质量RNA的技巧和技巧。这里我分享一些技巧来帮助你快速度过“熟能生巧”的阶段,这样你就可以像专业人士一样分离RNA。

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专注于过去,专注于未来

“我想用我的样本做更多的事情,但这是不可能的知道那里可能有大量的信息,但就是没有办法把它取出来……我在实验室里有组织块,我想进行实验,但没有好办法把干净的核酸取出来。”

这是我上周在蒙特利尔与美国人类遗传学协会(American Society of Human Genetics)会议上与科学家交谈时听到的一些评论。他们和其他数不清的研究人员,正坐在一个信息宝库里,这些信息可能是几个月前、几年前或几十年前被锁起来的。我指的是福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织块。据估计,全球存档的组织块超过4亿个,科学家们正在努力寻找从这些组织中提取的核酸在qPCR、微阵列和下一代测序等应用方面的最佳利用方法。1继续阅读“固守过去,放眼未来”