XpressAmp™直接扩增:qPCR结果的简化和加速时间

随着SARS‐CoV‐2大流行在美国和全球范围内持续肆虐,对COVID‐19检测的需求也在不断增加。绝大多数COVID-19检测使用RT - qPCR检测患者样本中的病毒RNA,如鼻咽拭子,这些拭子收集并保存在病毒或通用转运介质(VTM/UTM)中。COVID‐19检测的一般工作流程如下:

  1. 收集和储存患者样本
  2. 将样品运送到检测实验室
  3. 从样本中提取RNA
  4. 放大和分析样本

虽然许多生产这些步骤中使用的产品的公司已经能够适应并显著提高其生产能力,但这些产品的供应与全球检测需求之间仍然存在差距。样品收集和储存步骤和RNA提取/纯化步骤都有瓶颈和供应限制的趋势。解决这些瓶颈并扩大这些有需求产品生产能力的一种方法是评估跳过工作流中的一个步骤,而不妨碍从样本中检测病毒RNA的能力的可行性。

虽然我们在Promega生产和供应RNA提取产品,但在当前COVID‐19测试流程中,我们认为RNA提取是一个特别的速率限制步骤。利用我们40多年来在样品制备和扩增方面的经验,特别是在法医犯罪现场证据等具有挑战性的样品方面的工作,我们寻求了一种解决方案,可以对存储在VTM/UTM中的鼻咽拭子进行分析,而无需首先进行RNA提取。结果是一种直接PCR扩增方法,简化和加速qPCR结果的时间。

顾名思义,直接PCR是一种不需要事先进行RNA或DNA提取和纯化的直接PCR扩增样品的方法。通过减少这些耗时的步骤,您可以更快地完成上游流程,从而更快地进入下游流程。

直接放大的挑战

直接PCR扩增有它自己的一套挑战。和其他PCR检测一样,PCR抑制总是一个值得考虑的因素。PCR抑制剂——来自用于裂解和释放rna的样品和裂解缓冲液——在qPCR中有可能造成定量偏差。在典型的PCR工作流程中,解决PCR抑制的方法是纯化或稀释RNA提取物,这将导致RNA的损失。由于直接的放大跳过了纯化的步骤,它有助于了解潜在的分子抑制机制帮助克服PCR抑制剂存在时可能遇到的分析限制。

在直接PCR扩增中要克服的第二个主要挑战是检测灵敏度。在分析之前,RNA的提取可以作为一个浓缩步骤,通常从VTM的X××l开始,用Y××l洗脱,导致进入RT - qPCR检测的样品浓度增加Z倍。在直接扩增中,不需要样品浓度。实际上,你通常会在裂解过程中稀释样品来释放RNA。为了克服这一问题,你需要重新优化你的PCR检测方法,因为优化后的PCR检测方法可能不适用于直接从样品中扩增RNA。

直接放大的好处

尽管存在挑战,但直接PCR扩增也有很多好处。在典型的PCR工作流程中,提取和纯化洗涤步骤使用了许多缓冲液和优化试剂。在直接放大的工作流程中,您可以绕过这些成本高昂和速率受限的步骤,从而避免试剂供应受限带来的潜在吞吐量限制,从而降低成本并保存宝贵的样品材料。

使用直接PCR工作流程还可以节省你在实验室的时间,尽管节省的时间取决于你以前的RNA提取方法是自动的还是手动的。直接放大工艺流程也是自动化友好的,不需要依赖特殊设计的塑料消耗品。

我们的解决方案:XpressAmp™直接扩增试剂

XpressAmp™直接扩增试剂提供了一种快速、无RNA提取的方法,用于制备用于PCR扩增的病毒样本。用鼻咽拭子在通用或病毒转运介质中收集样本,并使用RT - qPCR进行直接扩增分析。简单的样品制备方法只需要10分钟的室温孵育,对于高通量的需求,该方法很容易自动完成。

无需提取RNA即可检测病毒RNA

用鼻咽拭子接种病毒转运培养基(VTM),加入由Helix Elite™灭活标准病毒、a /B型流感灭活病毒和呼吸道合胞病毒重组的RSV a和B型流感(香港)病毒。此高级别病毒样本(1×10)3.在VTM中稀释1:10和1:100,以创建中、低水平病毒样本。同时,两个用户使用XpressAmp™直接扩增试剂从添加的VTM样品中创建样品裂解液。然后,两名使用者使用GoTaq®1‐Step探针qPCR系统(Cat)通过RT - qPCR检测了RSV A和流感B的存在。# A6121)补充了XpressAmp™解决方案。N = 6放大复制。

简单,Automation-Friendly协议

可定制的

作为定制产品,XpressAmp™直接扩增试剂可以通过多种方式进行调整,以满足您的特定需求。您可以使用许多定制选项,从批量购买试剂,到更改分配大小,或重新格式化和重新标号。

了解更多有关XpressAmp™直接扩增试剂,定制以及根据您的需要定制

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娜塔莉是Promega的科学作家。她在威斯康星大学麦迪逊分校获得微生物学学士学位,在科特蒂学院获得科学副学士学位。在她的业余时间,她会打排球,创作音乐,不断地做她那堆没完没了的手工作品,和动物做志愿者。

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